Kościół braci czeskich (kalwinów) został wzniesiony w latach 1652–1654 przez leszczyńskiego budowniczego Martina Woydę. Okres jego budowy, charakteryzujący się stylem barokowym, w wypadku zboru św. Jana został odzwierciedlony jedynie symbolicznie w hełmie wieży, zmienionym zresztą w stosunku do oryginału w trakcie odbudowy w 1828 r., oraz innych detalach, jak choćby bogato zdobiona ambona wewnątrz, zaś dominuje uproszczona stylistyka późnogotycka z elementami nawet romańskimi. To cecha charakterystyczna tej XVII-wiecznej świątyni, która na terenie Leszna i okolic zapoczątkowała tradycję pozostawiania elewacji budowli kościelnych w cegle, czego przykładem stał się późniejszy kościół luterański Krzyża czy też zbór ewangelicki w Rydzynie.

Wkrótce po budowie, w 1656 r. kościół uległ pożarowi, który powtórzył się w 1707 r. Dwukrotnie został jednak odbudowany, choć wspomniany hełm na wieży zrekonstruowano dopiero w 1828 r. Kilka dekad później świątynia została wyposażona w jej chlubę, a mianowicie neogotycki prospekt organowy, którego budowa trwała w latach 1853–1855. Autorem instrumentu był leszczyński organomistrz Neubauer, a jego dzieło otrzymało 30 głosów, w tym cztery 16-stopniowe oraz dwanaście ośmiostopniowych, dwa manuały i pojedynczy pedał. W 1898 r. dokonano zmian w obrębie frontowych przypór i odmalowano wnętrze całego kościoła. W tymże roku założono też centralne ogrzewanie, którego kotłownię zbudował mistrz budowlany Hermann Nerger. Niska i niewielka kotłownia, wraz z wysokim kominem, stanęła po południowej stronie świątyni jako niewielka dobudówka przy wejściu do kościoła. Budowa kotłowni i CO była zarazem ostatnią poważną ingerencją budowlaną w kościele św. Jana do końca zaboru pruskiego.

W okresie międzywojennym kościół pozostawał w dalszym ciągu pod opieką parafii ewangelicko-reformowanej św. Jana, która posiadała tutaj także unikatową bibliotekę z niedokończonymi dziełami Jana Amosa Komeńskiego czy też licznymi białymi krukami z XV czy XVI w. W latach 30. XX w. zakupiono też nowe dzwony, gdyż stare, pochodzące jeszcze z XVIII w., zostały zarekwirowane przez pruskie władze wojskowe w czasie I wojny światowej.

Wraz z końcem II wojny światowej, w 1945 r. kościół przejęła parafia katolicka św. Mikołaja. Do 1948 r. w kościele odbywały się też nabożeństwa dla leszczyńskiego garnizonu. W 1957 r. wnętrze świątyni zostało odnowione i przystosowane do nabożeństw katolickich, a w 1972 r. – po powołaniu samodzielnej parafii św. Jana Chrzciciela – rozpoczął się okres kolejnych remontów, m.in. zegara i tarczy zegarowych z 1903 r. (1976 r.). W 1976 r. dokonano też elektryfikacji napędu dzwonów. W ostatnich latach prowadzone są sukcesywnie prace konserwatorskie, a najpoważniejszą z nich była wymiana ceramicznego pokrycia dachowego.

Kościół św. Jana Chrzciciela został 20 stycznia 1953 r. i 5 lutego 1965 r. wpisany do rejestru zabytków pod numerem 327/1–2/Wlkp/A.

Bibliografia:

- Komolka Mirosława, Sierpowski Stanisław, Leszno. Zarys dziejów, Poznań 1987.

- Kręglewska-Foksowicz Ewa, Sztuka Leszna do początków XX wieku, Poznań 1982.

- Świderski Bronisław, Ilustrowany opis Leszna i ziemi leszczyńskiej, Leszno 1928.

- Urban Maciej, Poewangelickie zabytki miasta Leszna, „Wielkopolski Biuletyn Konserwatorski”, t. V, 2012.

- Urbaniak Miron, Modernizacja infrastruktury miejskiej Leszna w latach 1832–1914, Poznań 2009.

- http://www.jan.chrzciciel.leszno.pl/?op=str,2,0,0&j=